Pe suprafața mucoaselor medicamentele se aplică după diferite tehnici, în funcție de mucoasa care se tratează. Una din acestea este aplicarea pomezilor pe mucoasa conjunctivală, care constă în aplicarea unguetelor în sacii conjunctivali sau pe marginea pleoapelor cu ajutorul unei baghete de sticlă, fin rotunjite. Mișcarea de închidere a pleoapelor antrenează alifia pe suprafața globului ocular.
Aplicarea pulberilor pe mucoasa conjunctivală se face astfel: pulberile se introduc în sacul conjunctival cu ajutorul unor tampoane montate pe bagheta de sticlă cu marginile rotunjite. Se încarcă tamponul cu pudră și se introduce în sacul conjunctival (se trage în jos pleoapa inferioară) iar mișcarea pleoapelor și a ochiului asigură extinderea pulberii pe suprafața sacilor conjunctivali.
Instilația nazală se execută cu o pipetă identică cu cea cu care se fac instilațiile la sacul conjunctival. Se introduce vârful pipetei în vestibulul fesei nazale fără să se atingă de pereții ei, și se picură numărul de picături prescrise.
Aplicarea alifiilor în nas se face în următorul mod: alifiile se introduc în vestibulul foselor nazale cu ajutorul unor tampoane de vată montată pe bețișoare subțiri ori stilete de metal. Alifia este cât un bob de grâu, se introduce pe suprafața internă a vestibulului nazal în partea dreaptă, apoi în partea stângă, sau în ambele părți. Instilația în conductul auditiv se poate face cu aceleași instrumente ca și la instilația nazală și se execută cu lichide călduțe apropiate de temperatura corpului, pentru a nu produce amețeli bolnavului.
Introducerea alifiilor în ureche se face cu ajutorul unui tampon de vată înfășurat pe un stilet de metal, sau un bețișor, dar până la limita vizibilității, fără a leza membrana timpanului. Badijonarea mucoasei bucale și faringiene se face cu tampon de vată sterilă, montată pe un stilet de metal ori bețișor de lemn și se înmoaie într-o soluție dezinfectantă.
Badijonarea cavității bucale se face parțial ori total, fața dorsală a limbii, suprafața limbii, vălul palatin, mucoasa gingivală, planșeul bucal. Badijonarea mucoasei meatului foselor nazale se face după aceeași tehnică de badijonare, ridicând cu policele mâinii stângi ușor vârful nasului în sus pentru o mai bună vizibilitate.
Gargara se realizează cu soluții medicamentoase sau fierturi de plante medicinale la temperatura corpului. Cu ajutorul tampoanelor vaginale se introduc în vagin medicamente, soluții și alifii, îndepărtând peretele vaginului cu valvele vaginale, care se lubrefiază cu glicerină pentru a fi mai ușor de introdus. Globulele vaginale apar sub formă de medicamente solide care în momentul introducerii în vagin se lichefiază, eliberând din compoziția lor medicamentul activ.